ระหว่างช่วงเวลาพักหายใจหลังจากการต่อสู้อันดุเดือดกับไอน์สเวิร์ธ พวกอิลิยาที่ช่วยเหลือมิยุออกมาได้ฟังเรื่องอดีตของมิยุ และสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ที่เกิดขึ้นที่โลกคู่ขนานจากเอมิยะ ชิโร่ของโลกนี้ นั่นเป็นชะตากรรมอันน่าเศร้าของมิยุ และเป็นเรื่องราวการต่อสู้อันยิ่งใหญ่ที่ชิโร่ผู้เป็นพี่ชายทำเพื่อมิยุโดยเดิมพันด้วยชีวิต ไอน์สเวิร์ธที่คิดจะสังเวยมิยุเพื่อช่วยเหลือมนุษยชาติ ชิโร่ที่ตัดสินใจเป็นศัตรูกับโลกเพื่อมิยุ ความยุติธรรมทั้งสองที่ไม่อาจไปด้วยกันได้ กับอิลิยาสาบานว่าจะปกป้องทั้งหมด "จะช่วยให้ได้เลย เพราะฉันตัดสินใจแล้วว่าจะหาทางที่เราจะอยู่รอดกันพร้อมหน้า!" เพื่อสร้างวันพรุ่งนี้ที่จะยิ้มให้กันกับคนสำคัญได้ การต่อสู้ของเหล่าสาวน้อยเวทมนตร์ กำลังจะเริ่มต้นอีกครั้ง......!