"ชิน อุลตร้าแมน Shin Ultraman" สิ่งมีชีวิตปริศนาขนาดยักษ์ที่เกิดขึ้นเหนือธรรมชาติ "ไคจู" ที่เป็นภัยคุกคามระดับพิเศษ ได้ปรากฏตัวขึ้นอย่างต่อเนื่อง จนกลายเป็นเรื่องประจำวันของประเทศญี่ปุ่น ซึ่งรัฐบาลของประเทศญี่ปุ่นไม่สามารถจัดการได้ จึงได้ทำการก่อตั้งทีมห้องปฎิบัติการพิเศษต่อต้านไคจู มีชื่อว่า "หน่วยเฉพาะกิจปราบปรามไคจู" ในระหว่างที่ภัยอันตรายของสัตว์ประหลาดกำลังเข้ามาใกล้ จู่ๆ มนุษย์ยักษ์สีเงิน ได้ปรากฏตัวขึ้นอย่างกระทันหัน เหนือชั้นบรรยากาศของโลก ผู้มีตัวตนปริศนา "อุลตร้าแมน"